O Programa de Pós-Graduação em Pediatria e Ciências Aplicadas à Pediatria do Departamento de Pediatria da Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo, foi concebido em abril de 1979, sob a liderança do Prof. Azarias de Andrade Carvalho, que foi o seu primeiro coordenador.
O Mestrado e o Doutorado foram aprovados por unanimidade pelo Conselho Federal de Educação em 5 de dezembro de 1980 (Processo: 2452/79).
Desde sua criação, foram Coordenadores do Programa: Prof. Dr. Azarias de Andrade Carvalho (1979-1982), Prof. Dr. Fernando José de Nóbrega (1983-1987), Prof. Dr.Benjamin Israel Kopelman (1988-1991), Profa. Dra.Chloé Camba Mussatti (1992-1994), Prof. Dr. Ulysses Fagundes Neto (1995-1997), Prof. Dr.Benjamin Israel Kopelman (1998-2003), Prof. Mauro Batista de Morais (2004-2008) e Profa. Dra.Olga Maria Silverio Amancio (2008-2012), sendo atualmente coordenado pelo Prof. Dr.Dirceu Solé (2013-2016, reeleito em 2017). Uma reflexão sobre os rumos do Programa nessas gestões está disponível na Revista Paulista de Pediatria 2006 (Supl): 25-7.
Inicialmente, entre 1979 e 1991, o Programa dirigia-se exclusivamente a pediatras. Um ponto marcante na evolução do Programa foi a sua expansão, em 1992, no sentido de formar alunos de outras profissões. Esse processo foi liderado pelas Profa. Dra. Chloé Camba Mussatti e Profa. Dra. Olga Maria Silverio Amancio. No início esses novos profissionais admitidos no Programa, em sua maioria biomédicos e nutricionistas, realizaram pós-graduação basicamente nas áreas de Imunologia e Nutrição. A consolidação deste processo deu-se com a mudança da denominação do então Curso de Pós-Graduação em Pediatria para Programa de Pós-graduação em Pediatria e Ciências Aplicadas à Pediatria. Seguindo esta filosofia, o Programa, atualmente, visa formação de Mestres e Doutores em Ciências de profissionais com atividades direcionadas à Saúde da Criança e do Adolescente.
Desde 2003, o Programa de Pós-Graduação em Pediatria e Ciências Aplicadas à Pediatria vem se reformulando de maneira continuada, com a finalidade de, em vez de transmitir conhecimentos específicos das especialidades pediátricas, se vincular à capacitação de recursos humanos que possam contribuir, de maneira crítica e reflexiva, para a construção do conhecimento em todas as áreas e interfaces referentes à saúde da criança e do adolescente. Assim, as Disciplinas, além de terem como base a análise crítica da produção científica dos próprios alunos e da literatura pertinente, com ênfase nos aspectos metodológicos da atividade de pesquisa, também abordam especificamente aspectos éticos e didáticos para formar pesquisadores que aliem conhecimento metodológico, capacidade de escrita e possibilidade de inovação de maneira crítica e ética. Todas as disciplinas ministradas, seja aquelas específicas seja as de caráter geral, se norteiam pelos princípios acima. Além disso, o Programa de Pediatria e Ciências aplicadas à Pediatria ministra, com a participação de seu corpo de orientadores e e exclusivamente para pós-graduandos do Programa, as disciplinas de Ética Médica e Docência em Pediatria, esta última elaborada em 2011 com início em 2012. Tendo em vista a abrangência de áreas e sub-áreas da Pediatria e das Ciências Aplicadas à Pediatria, o Programa possui 8 linhas de pesquisa, estabelecidas em anos anteriores, que para maior clareza da produção científica do corpo docente, em 2010 passam a contar com os respectivos projetos.
Ainda nesse contexto, vale destacar a intensa atividade dos orientadores do Programa em projetos de iniciação científica, que envolvem os alunos de graduação na área médica e de saúde, de maneira geral e, ao mesmo tempo, a atração de alunos de mestrado e doutorado de todo o país,o que revela o grande potencial capacitador de recursos humanos para o Brasil de nosso Programa. Assim, uma das prioridades do Programa é oferecer Mestrado e Doutorado para professores de departamentos de pediatria de universidades de regiões com menor tradição na produção de conhecimento na área de saúde da criança e adolescente. Neste contexto, ao longo da última década, foram desenvolvidos programas de Mestrado em conjunto com a Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Universidade Federal do Pará e Universidade Estadual do Pará. Assim, 30 Professores dessas instituições obtiveram o título de Mestre. No ano de 2010, foram concluídos 12 mestrados em conjunto com a Universidade Estadual de Ciências da Saúde de Alagoas. Atualmente, está em andamento o programa de doutorado da Universidade Federal do Pará, Universidade Estadual do Pará e Universidade Federal do Ceará, sendo que em 2013 o Dinter com a Universidade Federal do Pará estará concluído com as últimas defesas de tese.
Desde o início do Programa, em 1979, até dezembro de 2012, foram titulados 620 mestres e 235 doutores, que atuam em várias regiões do país e também no exterior.
Com relação à avaliação do Programa pela CAPES na área de Medicina II, referente aos triênios 2004 a 2006, 2007 a 2009 e 2010 a 2012, obteve-se a nota 5,0, considerada como padrão de excelência em termos de contribuição científica. Acredita-se que o Programa, num processo de renovação e crítica permanentes, possa continuar a contribuir de forma incisiva na formação de pesquisadores na área da saúde da criança e do adolescente, que ajudem a solidificar os caminhos da pesquisa médica brasileira.