El Programa de Postgrado en Filosofía de la Unifesp se concentra en la producción filosófica de la tradición y de la Contemporaneidad, estructurándose en las siguientes líneas de investigación:
1. Metafísica, Ciencia y Lenguaje.
2. Subjetividad, Arte y Cultura.
3. Política, conocimiento y sociedad.
4. Historia de la Filosofía.