La Comisión para la Docencia de Posgrado en Ciencias Sociales es responsable de la coordinación didáctica y administrativa del Programa.
Las actividades de la PPGCS están coordinadas por una Comisión de Enseñanza de Posgrado (CEPG) y todas sus deliberaciones están disciplinadas por el Reglamento Interno de Posgrado e Investigación de la Unifesp (RIPGP), que regula los Programas de Posgrado propiamente dichos de esta universidad, así como por los cambios futuros que la sustituyan, y por el Reglamento Interno de la PPGCS.
El CEPG está compuesto por todos los profesores acreditados en la PPGCS, que son sus miembros nativos, y por un representante de los estudiantes inscritos en el programa Miembros - Representantes de las áreas de conocimiento.
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Este órgano colegiado se compone de orientadores acreditados que representan cada uno de los ámbitos de conocimiento que componen el Programa.
Asignaciones El CEPG es responsable de definir las normas internas del Programa, siempre de acuerdo con las directrices de la Oficina del Decano de Estudios de Postgrado e Investigación de la Unifesp y de evaluar los proyectos realizados por los estudiantes de másteres académicos.