O Programa está envolvido com o programa de Pós-Graduação em Bioquímica e Biologia Molecular multicêntrico, nível mestrado e doutorado formulada pela Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq), buscando incorporar jovens talentos espalhados pelo pais em locais onde ainda não existem programas de pós-graduação na área ou em áreas afins.
O Programa manteve convênio com o Departamento de Bioquímica da Universidade Federal do Rio Grande do Norte (UFRN) para a formação de recursos humanos; no momento o convênio envolve intercâmbio de docentes e estudantes dos dois programas. Esta parceria foi ampliada, incluindo também o Programa de Biologia Celular da Universidade Federal do Paraná, e contou neste período com o apoio do PROCAD da CAPES e do Programa Casadinho do CNPq. Ainda, vários estudantes fazem estágios sanduíche no exterior, e realizam experimentos em outros laboratórios do país, em função da temática do trabalho que está sendo desenvolvido.
Além disso, o Programa apoia vários outros Programas da própria Unifesp, tais como: Cirurgia Plástica, Clínica Médica, Endocrinologia, Ginecologia, Morfologia, Nefrologia, Neurologia, Obstetrícia, Oftalmologia, Ortopedia, Urologia, entre outros. A colaboração envolve a permanência dos estudantes de pós-graduação daqueles Programas nos laboratórios dos docentes do Programa de Biologia Molecular para o desenvolvimento do trabalho científico. Esse tipo de parceria também ocorre com outras Instituições do país. Ainda, docentes do Programa mantêm colaborações com várias instituições do país, tais como:
| Faculdade de Medicina da Santa Casa de São Paulo, |
| Instituto Butantan - Laboratório de Imunologia |
| Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein (IIEPAE) |
| Laboratório Nacional de Luz Síncroton |
| Fundação Parque Zoológico de São Paulo |
| Instituto Associação Beneficiente de Coleta de Sangue (COLSAN) |
| Universidade Bandeirante de São Paulo - Grupo de Estudos em Odontologia |
| Universidade de Mogi das Cruzes - Centro Interdisciplinar de Investigação Bioquímica |
| Universidade de São Paulo (USP) - Faculdade de Ciências Farmacêuticas |
| Universidade de São Paulo (USP) – Instituto de Ciências Biomédicas |
| Universidade de São Paulo (USP) – Departamento de Genética/ESALC |
| Universidade de São Paulo (USP) – Faculdade de Medicina - Departamento de Urologia |
| Universidade de São Paulo (USP) – Faculdade de Medicina - Departamento de Patologia |
| Universidade de São Paulo (USP) – Faculdade de Medicina - Departamento de Ginecologia |
| Universidade de São Paulo (USP) – Faculdade de Medicina - Instituto da Criança |
| Universidade de São Paulo (USP) – Instituto de Física |
| Universidade de São Paulo (USP) – Faculdade de Veterinária |
| Universidade de São Paulo (USP) - Instituto de Química |
| Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Departamento de Bioquímica |
| Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Instituto de Química |
| Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) - Instituto de Biologia |
| Universidade do Estado de São Paulo (UNESP) - Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas - LNLS Laboratório Nacional de Luz Síncrotron |
| Universidade Estadual do Rio de Janeiro (UERJ) - Departamento de Biologia Celular |
| Universidade Estadual de Ponta Grossa (UEPG) |
| Universidade Estadual de Ciências da Saúde de Alagoas (UNCISAL) |
| Universidade Federal da Bahia (UFBA) |
| Universidade Federal do Ceará (UFC) |
| Universidade Federal da Grande Dourados (UFGD) |
| Universidade Federal de Goiás (UFG) |
| Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF) |
| Universidade Federal do Mato Grosso (UFMT) |
| Universidade Federal da Paraíba (UFPB) |
| Universidade Federal de Pelotas (UFPEL) |
| Universidade Federal de Pernambuco (UFPE) - Departamentos de Bioquímica e de Gastroenterologia |
| Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC) - Departamento de Farmacologia |
| Universidade Federal do ABC (UFABC) |
| Universidade Federal do Paraná (UFPR)- Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular - Setor de Ciências Biológicas |
| Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) - Instituto de Bioquímica Médica |
| Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) - Instituto de Ciências Biomédicas |
| Universidade Federal do Rio Grande do Norte (UFRN) - Departamento de Bioquímica |
| Universidade Federal de São Carlos (UFSCar) - Departamento de Genética e Evolução |
| Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS) - Departamento de Bioquímica e de Genética |
| Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS) - Centro de Biotecnologia |
| Pontifícia Universidade Católica do Paraná (PUCPR) |
| Universidade Bandeirante de São Paulo (UNIBAN) (Grupo de Estudos em Odontologia) |
| Universidade de Mogi das Cruzes (UMC) |