La expansión de la Unifesp en nuevos campus y la diversificación de cursos es parte del Programa de Apoyo a Planes de Restructuración y Expansión de las Universidades Federales (Reuni). La participación de la Universidad Federal de São Paulo (Unifesp) en el Reuni posibilitó el aumento de recursos para las instalaciones de nuevos campus. Actualmente Unifesp cuenta con los campus: Baixada Santista, Diadema, Guarulhos, Osasco, São José dos Campos, São Paulo y, más recientemente, Campus Zona Leste, lo que permitió la ampliación de vacantes a la enseñanza superior en las áreas de ciencias humanas, naturales y exactas, además de tres unidades de extensión.

El campus Guarulhos fue implantado en 2006, con inicio de las actividades académicas en el año lectivo de 2007. Los cursos de Pedagogía, Historia, Ciencias Sociales y Filosofía fueran los primeros grados (licenciatura y bachillerato superior) ofrecidos. En los años posteriores, se añadieron los cursos de Letras e Historia del Arte.

Al mismo tiempo en que la enseñanza superior se consolidaba, nuevas propuestas de programas de posgrado se constituyeron, de tal forma que, en la coyuntura actual, además del Programa de Posgrado en Educación (PPGE), la Escuela de Filosofía, Letras y Ciencias Humanas (EFLCH) de la Unifesp cuenta con cursos de Posgrado que abarcan las áreas de Ciencias Sociales, Educación y Salud, Filosofía, Historia, Historia del Arte y Letras.

El Programa de Posgrado en Educación (PPGE) fue recomendado en la 141ª reunión del Consejo Técnico-Científico de Enseñanza Superior de la Coordinación de Perfeccionamiento de Personal de Nivel Superior (Capes), en 27/11/2012.

El Programa ha contabilizado de 2013 a 2016 con dos Líneas de Pesquisa:

1. Políticas Educacionales y Formación de Docentes;

2. Sujetos, Saberes y Procesos Educativos. 

Desde 2017, el PPGE se reorganizó en cinco nuevas líneas, fruto del despliegue de las dos líneas anteriores: 

Línea 1: Educación: Desigualdad, Diferencia e Inclusión; 

Línea 2: Educación, Estado, Trabajo; 

Línea 3: Escuela Pública, Formación de Profesores y Prácticas Pedagógicas; 

Línea 4: Historia de la Educación: Sujetos, Objetos y Prácticas, y 

Línea 5: Lenguajes y Saberes en Contextos Formativos.  

En 2018 el programa tuvo su curso de doctorado en Educación aprobado por Capes, iniciando, en 2109, su primera clase de doctorado.