A Pós-Graduação stricto sensu, na Escola Paulista de Enfermagem da Universidade Federal de São Paulo (EPE/Unifesp) teve início em 1978 e há três décadas contribui com a formação de mestres, doutores e pós-doutores, agregando valor à produção do conhecimento no campo das Ciências da Enfermagem e da Saúde no cenário nacional e internacional. Este Programa começou com o Curso de Mestrado em Enfermagem Pediátrica em 1978, seguindo-se da Enfermagem Obstétrica em 1980 e Enfermagem na Saúde do Adulto em 1989.
O Curso de Doutorado em Enfermagem Materna e Infantil inicia-se em 1986. A grande modificação ocorreu em 1996 quando unificou-se os três cursos de mestrado com áreas de concentração e, transformou-se o Doutorado em Enfermagem Materna e Infantil em Doutorado em Enfermagem e passou-se a ter apenas um único Programa, que analisado por pesquisadores trouxe resultados positivos. Em 2002 nova mudança ocorreu, desta vez fundindo as áreas de concentração existentes em apenas uma, denominada Fundamentos e Práticas de Enfermagem no Processo Saúde Doença. E posteriormente em 2008 recebe a configuração atual. Em 2005 a Unifesp determina que todos os Programas de Pós Graduação stricto sensu passem a contemplar a inserção de outros profissionais, e unifica a titulação de mestre e doutor em ciências. Em 2008 nova reestruturação culmina na configuração atual.