O Programa de Pós-Graduação em Neurologia e Neurociências foi criado em 1978 pelo professor titular Dr. José Geraldo Camargo Lima, que exerceu a coordenação desse Programa até o ano de 1989. Durante esse período, médicos com residência em Neurologia / Neurocirurgia podiam fazer mestrado e doutorado pela Pós-Graduação em Neurologia e os títulos obtidos eram de mestres em Neurologia e doutores em Medicina. Nesta época, o Programa contava com dois centros de pesquisa, situados na Disciplina de Neurologia Clínica e Neurologia Experimental. 

    A partir de 1983, com o apoio do Prof. Dr. Esper Abrão Cavalheiro houve uma modificação no Programa, que passou a receber alunos graduados de outras áreas, ligadas à medicina ou médicos não neurologistas, além de orientadores mais voltados para a pesquisa básica. Durante o período de 1991 a 2000 o Prof. Dr. Esper Abrão Cavalheiro coordenou o Programa de Pós-Graduação em Neurologia / Neurociências e propiciou uma grande integração entre a pesquisa básica e clínica, sendo um dos pioneiros na criação de um Programa da Pós-Graduação multidisciplinar na UNIFESP. 

    Atualmente, o Programa admite alunos graduados em diferentes áreas e que tenham interesse no desenvolvimento de pesquisas na área de neurociências, com ênfase em doenças neurológicas.