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O curso de doutorado é constituído pelo conjunto de atividades em linhas de pesquisa, disciplinas, corpo docente (orientadores) e discentes inseridos no estudo da fisiopatologia e epidemiologia das doenças com acometimento tóraco-pulmonar, com atenção à assistência, ensino e pesquisa, privilegiando a integração do conhecimento.

O fluxo para a matrícula dos alunos no Programa de Pós-Graduação nos níveis de Mestrado, Doutorado e pós-Doutorado é contínuo ao longo do ano, não havendo período específico pré-determinado.

O Doutorado tem por objetivo formar docentes e pesquisadores com habilidade de conduzir pesquisa original e independente em Pneumologia e áreas afins.

Os alunos admitidos no curso de Doutorado deverão ter o titulo de Mestre e terem redigido e encaminhado trabalho original oriundo de seu projeto de pesquisa. Excepcionalmente e a critério da CEPG, poderão ser admitidos alunos no nível de Doutorado sem o Título de Mestre, desde que comprovem relevante atividade anterior em projetos de pesquisa, conforme apreciação da CEPG; ou que haja interesse do Programa em admitir candidato que contribuirá fortemente para o desenvolvimento de linha de pesquisa específica.

Requisitos para obtenção de título
Para a obtenção do Título de Doutor, o aluno deverá durante o período de matrícula mínimo de 24 meses e máximo de 48 meses:

a) Obter 40 (quarenta) créditos que poderão ser atribuídos pela CEPG em razão de sua participação em cursos, seminários, reuniões científicas, atividades didáticas ou assistenciais;
b) Cumprir os cursos e disciplinas exigidos pelo Programa de Pós-Graduação em Pneumologia e as aulas obrigatórias a todos os pós-graduandos, segundo calendário da CEPG. Módulo de Metodologia Científica e Estatística são obrigatórios.
c) Assistir a pelo menos cinco defesas de tese de Doutorado, no período de sua matrícula.

d) Ter certificado de proficiência em língua inglesa;

e) Discutir periodicamente em reunião científica, designada a critério da CEPG, o andamento da Pesquisa com a presença obrigatória do orientador e, se houver, do co-orientador;
f) Defender publicamente trabalho de tese que represente contribuição original e significativa para a Pneumologia e áreas afins;
g) Redigir trabalho referente à tese, encaminhando-o para publicação em periódico, de circulação internacional, indexado no ISI, Scopus ou MEDLINE;

A defesa de tese de Doutorado, mesmo com a obtenção da totalidade dos créditos, não dispensa o aluno das atividades a ele designadas;
Os alunos portadores do Título de Mestre poderão utilizar os créditos já obtidos e descritos anteriormente, devendo entretanto cumprir o necessário para totalizar 40 créditos e integrar o necessário para a obtenção do Título de Doutor;

Os títulos de Mestre ou de Doutor são outorgados após o cumprimento das exigências definidas pelos Programas de Pós-Graduação em Pneumologia e pelo Regimento Interno de Pós-Graduaçào e Pesquisa da Universidade Federal de São Paulo, e pela aprovação de dissertação ou trabalho equivalente para o Mestrado, ou da tese para o Doutorado.


Bolsas
Os programas de Programa de Pós Graduação em Pneumologia tem o apoio de agências financiadoras de pesquisa que oferecem bolsas de estudos nos níveis de mestrado e doutorado, em número limitado, aos alunos matriculados. Os critérios para seleção de bolsistas são:
a) Estar matriculado no Programa de Pós Graduação em Pneumologia.
b) Pós-Graduando solicitante declarar não ter impedimento de receber a bolsa solicitada, segundo normas estipuladas pela CAPES
c) Análise curricular e entrevista com os candidatos, pelos membros da CEPG
d) As matriculas na Pós Graduação (segundo critérios da CEPG) e utilização das bolsas ocorrem em fluxo contínuo
e) Em caso de existência de maior número de candidatos potencialmente elegíveis em relação ao número de bolsas, a análise curricular ( valendo 7 pontos) e a entrevista ( valendo 3 pontos) determinarão a decisão na escolha . Serão avaliadas as atividades acadêmicas extra curriculares durante o curso de graduação e especialização:
- Cursos frequentados
- Participação em Congressos
- Trabalhos apresentados em Congresso
- Trabalhos publicados em revistas nacionais e internacionais
- Monitorias e participação de Ligas ou atividades afins
- Aulas ou Seminários proferidos
- Proficiência em línguas estrangeiras