O Programa de Pós-Graduação em Psicobiologia teve como base inicial, em 1971, uma área de concentração denominada Psicofarmacologia vinculada ao Programa de Pós-graduação em Farmacologia da Escola Paulista de Medicina, sob a liderança do Prof. Elisaldo Carlini. Em 1987, a CAPES aprovou a independência do Programa de Pós-Graduação em Psicobiologia, vinculado ao Departamento de Psicobiologia da mesma instituição (Universidade Federal de São Paulo, UNIFESP/Escola Paulista de Medicina: UNIFESP. Desde 2007, o Programa tem sido avaliado como programa de excelência na Área de Medicina II pela CAPES.
