O Programa de Pós-graduação em Psicobiologia conta com a infraestrutura do Departamento de Psicobiologia, localizado no Edifício de Ciências Biomédicas da UNIFESP, com ampla área de laboratórios (1050 m2) destinada à realização de pesquisas na área básica, incluindo metodologias em psicologia experimental, técnicas neuroquímicas e moleculares, psicofarmacologia e eletrofisiologia. Além disto, possui um amplo biotério de manutenção de animais, com capacidade para 1.500 ratos e 2.000 camundongos. Além dos laboratórios de pesquisa, o Programa conta com salas de pós-graduandos e docentes, secretaria e a Sala Jandira Masur que abriga 28 lugares e é equipada com equipamentos de videoconferência, sendo nela ministrados cursos de graduação e de especialização, disciplinas para os alunos da pós-graduação e reuniões científicas.
O Centro de Pesquisa em Psicobiologia, espaço cedido pela AFIP para o Departamento de Psicobiologia e o Programa de Pós-graduação em Psicobiologia (2.250 m2), é um complexo logístico de pesquisa e ensino multidisciplinares criado na década de 1970. Neste edifício existem laboratórios com equipamentos de última geração onde são realizadas pesquisas em biologia molecular, uma enfermaria com infra-estrutura para a realização de experimentos em seres humanos, bem como salas com equipamentos para a realização de polissonografia. O edifício conta ainda com cinco consultórios para atendimento ambulatorial, sendo dois deles equipados com sala de observação (espelho "one-way"), um com equipamentos para a avaliação de cognição humana, além de sala de espera, recepção e secretaria. A biblioteca especializada na área da Psicobiologia com uma bibliografia atualizada possui milhares de títulos, centenas de dissertações de Mestrado e teses de Doutorado, dezenas de periódicos de relevância para as áreas específicas e um sistema de computadores ligados à Internet. Os alunos e docentes possuem, ainda, à disposição uma biblioteca especializada BIREME, além de acesso ao portal de periódicos da CAPES em toda a rede de informática, inclusive com a possibilidade de acesso à distância para os alunos matriculados no programa de pós-graduação ACESSO .
Neste edifício está localizado o Anfiteatro Brasil Tufik que possui 75 lugares e uma ótima infraestrutura, sendo nele ministrados cursos de graduação, especialização, reuniões científicas, bem como defesas de dissertações e teses e concursos públicos. Uma sala de aula com capacidade de 20 lugares que é utilizada para cursos de graduação, aulas, reuniões de supervisão para os alunos dos cursos de especialização (lato sensu), bem como para as reuniões de caráter científico. Além disso, quatro salas de reunião para grupos de até cerca de 10 pessoas, além de escritórios para os docentes.
As diferentes Áreas de Concentração do Programa, que têm atuação nas áreas clínicas, dispõem de centros clínicos específicos para o atendimento de pacientes, visando dar condições para o pleno desenvolvimento dos projetos, financiados pela AFIP. As áreas de Dependência de Drogas, Neuropsicologia, Sono e Medicina Comportamental, possuem unidades específicas para a realização de atendimentos e para a realização dos projetos de pesquisa:
A UDED - Unidade de Dependência de Drogas é destinada à pesquisa e ao ensino sobre o tratamento de usuários de substâncias psicoativas, com 6 consultórios, sendo 4 equipados com salas de espelho para observação dos atendimentos, duas salas de apoio para os pós-graduandos e uma sala de aula com capacidade para 40 pessoas.
O Centro Paulista de Neuropsicologia (com 6 consultórios; CPN ), atua na identificação e encaminhamento para atendimento adequado de pessoas com disfunções neuropsicológicas de todas as idades, bem como na capacitação de profissionais de saúde nesta área.
A Unidade de Medicina Comportamental conta com 3 consultórios destinados a pesquisas sobre a aplicação de técnicas de terapia cognitivo-comportamental, hipnose e biofeedback, assim como sobre gestão de vida para a promoção de bem-estar.
O Instituto do Sono possui dezenas de laboratórios equipados com equipamentos de última geração para a análise polissonográfica de voluntários e de pacientes de projetos de pesquisa.
