O Programa de Pós-graduação em Saúde Coletiva recebe apoio financeiro da CAPES – Verba PROAP. Outras agências de fomento têm sido essenciais para o programa, tais como: FAPESP, CNPq, FINEP, FUNAD (Fundo Nacional Antidrogas) e Ministério da Saúde.
Os docentes do programa mantêm colaboração, em pesquisa, com diversas IES do estado e fora dele. Destacam-se: Faculdade de Saúde Pública, Faculdade de Medicina e Instituto de Psicologia da Universidade de São Paulo, Universidade Federal de Minas Gerais, Universidade Federal de Santa Catarina, Universidade Federal do Espírito Santo, Universidade Federal de São Carlos, Universidade Estadual Paulista, Universidade Federal de Alagoas, Faculdade de Ciências Médicas da Santa Casa de São Paulo, Universidade Federal Rural de Pernambuco, Universidade Federal de Pelotas, Universidade Federal do Acre, Universidade Federal do Ceará, Instituto de Saúde do Estado de São Paulo, NUPENS (Núcleo de Pesquisas Epidemiológicas em Nutrição e Saúde) e Universidade Federal de Uberlândia.
Há também parcerias em projetos de pesquisa e cursos ministrados entre os diferentes campi da UNIFESP e, dentro do campus São Paulo, entre os diferentes departamentos.