A expansão da Unifesp em novos campi e a diversificação de cursos é parte do Programa de Apoio a Planos de Reestruturação e Expansão das Universidades Federais (Reuni). A participação da Universidade Federal de São Paulo (Unifesp) no Reuni viabilizou o acréscimo de recursos para as instalações de novos campi. Atualmente, a Unifesp conta com os campi de Guarulhos, Diadema, São José dos Campos, Baixada Santista e, mais recentemente, Osasco, o que permitiu a ampliação de vagas ao ensino superior nas áreas de ciências humanas, biológicas e exatas, além de três unidades de extensão.
O campus Guarulhos foi implantado em 2006, com início das atividades acadêmicas no ano letivo de 2007. Os cursos de Pedagogia, História, Ciências Sociais e Filosofia foram as primeiras graduações (licenciatura e bacharelado) ofertadas. Nos anos posteriores, agregaram-se a elas os cursos de Letras e História da Arte.
Ao mesmo tempo em que o ensino de graduação se consolidava, novas propostas de programas de Pós-Graduação se constituíram, de tal forma que, na conjuntura atual, além do Programa de Pós-Graduação em Educação (PPGE), a Escola de Filosofia, Letras e Ciências Humanas (EFLCH) da Unifesp conta com cursos de Pós-Graduação que abrangem as áreas de Ciências Sociais, Educação e Saúde, Filosofia e História.
O Programa de Pós-Graduação em Educação (PPGE) foi recomendado na 141ª reunião do Conselho Técnico-Científico do Ensino Superior da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), em 27/11/2012.
O Programa contou de 2013 a 2016 com duas Linhas de Pesquisa:
1. Políticas Educacionais e Formação de Educadores;
2. Sujeitos, Saberes e Processos Educativos.
A partir de 2017, o PPGE se reorganizou em cinco novas linhas, fruto do desdobramento das duas linhas anteriores:
Linha 1: Educação: Desigualdade, Diferença e Inclusão;
Linha 2: Educação, Estado, Trabalho;
Linha 3: Escola Pública, Formação de Professores e Práticas Pedagógicas;
Linha 4: História da Educação: Sujeitos, Objetos e Práticas e
Linha 5: Linguagens e Saberes em Contextos Formativos.
Em 2018 o programa tem o seu curso de doutorado em Educação aprovado pela Capes, iniciando, em 2019, a sua primeira turma de doutorado.