O programa mantém importante atividade de parcerias com diversas instituições nacionais. Essas iniciativas levam a um aprimoramento constante com a aquisição de novas metodologias, melhor formação de seus alunos e possibilitando maior inserção de seus egressos. Descreveremos a seguir as atividades de intercambio institucionais nacionais:
| Associação de Diabéticos de Bauru |
| Centro de Diabetes e Endocrinologia da Bahia |
| Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto |
| Faculdade de Odontologia da Universidade de São Paulo |
| Fiocruz |
| Hospital de Clínicas de Porto Alegre - Serviço de Genética Médica |
| Hospital Infantil Albert Sabin |
| Hospital Infantil Joana de Gusmão |
| Hospital Infantil Pequeno Príncipe |
| Hospital Regional de Taguatinga |
| Incor |
| Instituto da Criança-USP |
| Universidade de São Paulo - Hospital das Clínicas |
| Universidade Estadual de Campinas |
| Universidade Estadual do Rio de Janeiro |
| Universidade Federal da Bahia - HU Professor Edgard Santos |
| Universidade Federal do Ceará - Faculdade de Medicina |
| Universidade Federal do Pará - HUJBB |
| Universidade Federal do Paraná |
| Universidade Federal do Rio de Janeiro |
| Universidade Federal do Rio Grande do Norte |
| Universidade Federal do Rio Grande do Sul |