O Programa de Pós-Graduação em Medicina Translacional tem ampla base de colaboração no território brasileiro.
A intensificação desta rede nacional de pesquisa se dá através de projetos colaborativos, da recepção de pós-graduandos de outras instituções e a manutenção de contato com os egressos do Programa.
A relação abaixo lista as principais instituições com colaborações nacionais de pesquisa e docência envolvendo os orientadores do Programa:
| Centro de Referência e Treinamento em DST/AIDS |
| Faculdade de Ciências Farmacêuticas da Universidade de São Paulo |
| Faculdade de Ciências Medicas da Santa Casa de São Paulo |
| Faculdade de Farmácia da Universidade de São Paulo |
| Faculdade de Medicina da Santa Casa de Misericórdia de São Paulo |
| Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo |
| Faculdade de Medicina de Marília |
| Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto |
| Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto |
| Faculdade de Medicina do Triângulo Mineiro - Uberaba |
| Faculdade de Medicina Veterinária da Universidade de Brasília |
| Fundação de Medicina Tropical do Amazonas |
| Fundação Faculdade de Ciências Médica de Porto Alegre |
| Fundação Hemocentro do Amazonas - HEMOAM |
| Fundação Lusíadas de Santos - UNILUS |
| Fundação Oswaldo Cruz, Bahia |
| Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro |
| Fundação Pró-Sangue Hemocentro de São Paulo |
| Hospital de Base - Brasília |
| Hospital de Clínicas de Porto Alegre |
| Hospital Israelita Albert Einstein |
| Hospital Sirio-Libanes, Instituto de Ensino e Pesquisa |
| Instituto Adolfo Lutz |
| Instituto Butantã |
| Instituto da Criança com Diabetes |
| Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo-IME-USP |
| Instituto de Medicina Tropical de São Paulo |
| Instituto de Medicina Integral Prof. Fernando Figueira - IMIP |
| Instituto do Coração - INCOR |
| Instituto Ludwig de Pesquisa em Câncer |
| Pontifícia Universidade Católica de Pelotas |
| Pontifícia Universidade Católica do Paraná |
| Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul |
| Secretaria Estadual de Saúde, CVE - São Paulo |
| Secretaria Municipal de Saúde de Itajaí - Santa Catarina |
| Secretaria Municipal de Saúde de São Paulo |
| Universidade Católica de Goiás, Goiânia |
| Universidade de Caxias do Sul |
| Universidade de São Paulo |
| Universidade de Taubaté |
| Universidade do Estado do Rio de Janeiro |
| Universidade Estadual de Campinas |
| Universidade Estadual de Londrina |
| Universidade Estadual de Maringá |
| Universidade Estadual do Mato Grosso |
| Universidade Estadual do Rio de Janeiro |
| Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho"- Araçatuba |
| Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho"- Araraquara |
| Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho"- Botucatu |
| Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho"- Rio Claro |
| Universidade Federal da Bahia |
| Universidade Federal da Paraíba |
| Universidade Federal de Fortaleza |
| Universidade Federal de Goiás |
| Universidade Federal de Pelotas |
| Universidade Federal de Pernambuco |
| Universidade Federal de São Paulo |
| Universidade Federal de Uberaba |
| Universidade Federal do Ceará |
| Universidade Federal do Estado do Amazonas |
| Universidade Federal do Paraná |
| Universidade Federal do Rio de Janeiro |
| Universidade Federal do Rio Grande do Norte |
| Universidade Federal do Rio Grande do Sul |